Wir erledigen das Barcoding und Probenpooling für Sie
INVIEW CRISPR Check 2nd PCR beginnt mit PCR-Proben, die Sie in Ihrem Labor mit Universaladaptern vorbereiten. Eurofins Genomics reinigt jedes PCR-Produkt und führt einen zweiten PCR-Schritt durch, die Index-PCR. Dieser PCR-Schritt führt indizierte Sequenzierungsadapter ein, die für die Probenunterscheidung bei gepoolten Proben erforderlich sind.
Besonderheiten von INVIEW CRISPR Check 2nd PCR:
- Sie brauchen selbst kein Barcoding durchzuführen. Sie brauchen daher auch nur ein Primerpaar pro Zielregion
- Kostengünstiges Outsourcing der verbleibenden Schritte
- Bioinformatik-Pipeline, die speziell für die Identifizierung und Quantifizierung von CRISPR-Ereignissen entwickelt wurde
- Einfaches Primerdesign und Primerbestellung über Eurofins
Sie haben eine große Anzahl von Proben, die Sie mit diesem Workflow analysieren möchten? In diesen Fällen können wir ein maßgeschneidertes Projekt mit vollständigen MiSeq-Läufen anbieten. Bitte kontaktieren Sie uns für eine Projektbesprechung.
Produktdetails
Ausgangsmaterial
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Bibliothekstyp
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Ausgangsmaterial
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| Illumina 2nd PCR Bibliothek |
25 µl aufgereinigtes Amplikon Produkt, bevorzugt in EB Puffer (PCR Produkt)*
Die Amplikongröße muss an die Länge der zu analysierenden InDels angepasst sein und das Merging der Paired Reads ermöglichen. Für die Analyse von Deletionen von bis zu 50 bp und Insertionen von bis zu 30 bp sollte die Wildtyp-Amplikongröße (ohne universelle Adatorsequenzen) z.B. zwischen 400 und 500 bp liegen.
Eine Qualitätskontrolle muss mittels eines Agarose Gels erfolgen (= deutliche Bande(n) der erwarteten Größe unter der Verwendung von 5 µl PCR Produkt).
Die Proben in 1.5ml "safe-lock" Reaktionsröhrchen (Tubes) geschickt werden.
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Spezifikationen
- Garantiert 60 k Read Paare pro Amplikon
- 2 x 300 bp Read Modus
Die CRISPR Mutationsanalyse bewertet für Sie Mutationen, die Sie mit dem NHEJ Reperatursystem (non-homologous end joining) eingefügt haben. Die Pipeline untersucht Mutationsereignisse die auf einer einzigen Bruchstelle (cut site) beruhen.
- Qualitäts-Clipping und Merging der Rohreads
- Mapping auf die Zielregion(en) und Qualitätsfiltern der gemappten Reads
- Clustering der Reads und darauf basierte Identifizierung und Quantifizierung von NHEJ Ereignissen
- Quantifizierung der Mutationsraten und Leserahmenverschiebungen
- Für jede Probe und Zielregion erhalten Sie folgende Informationen:
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Plots zur beobachteten Mutationsrate und Leserahmenverschiebung
- Rohdaten, Mapping und Coverage Statistiken
- Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden /li>
- Rohdaten als FASTQ Dateien
- FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
- Gemappte Reads im BAM Format (Rohreads und gefilterte Reads)
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format
- 15 - 20 Werktage für bis zu 96 Proben
- 3 zusätzliche Werktage für die Bioinformatische Auswertung
*Weniger Startmaterial? Bitte kontaktieren Sie uns.
Bitte beachten Sie, dass für online angeforderte DNA-Isolierungen nur S1-klassifiziertes Material angenommen wird. Weitere Informationen über die derzeitige Klassifizierung biologischen Materials finden Sie hier (TRBA 466). Für weitere Informationen zur DNA-Isolierung aus Material, das als S2 klassifiziert wurde, wenden Sie sich bitte an uns.
Amplikon-Vorbereitung für INVIEW CRISPR Check 2nd PCR
So einfach wie noch nie
- Definieren Sie den Zielbereich, den Sie amplifizieren möchten, und konzipieren Sie Primer für die Amplifikation dieses Bereichs.
- Laden Sie Ihre zielspezifische Sequenz auf unserer Oligo-Bestellseite hoch und überlassen Sie Eurofins das automatische Primerdesign.
- Bestellen Sie die Primer und führen Sie die Amplifikation mit den vorgesehenen Primern durch.
- Überprüfen Sie den Amplifikationserfolg auf einem Gel und senden Sie uns Ihre nicht aufgereinigten Amplikons zu.
Sie haben noch weitere Fragen? Bitte kontaktieren Sie uns.