Höchste Flexibilität bei Amplikongröße und Datenpaketen
INVIEW CRISPR Check Adapter Ligation beginnt mit kurzen PCR-Produkten, die in Ihrem Labor vorbereitet werden und die Sie optional mit molekularen Tags versehen. Eurofins Genomics führt für jede PCR-Probe oder jeden Probenpool eine Adapterligation durch und führt damit die für die Illumina-Sequenzierung erforderlichen Adaptersequenzen ein.
Besonderheiten von INVIEW CRISPR Check Adaptor Ligation
- Sequenzierung von Amplikons (Wildtyp) bis zu 500 bp
- Große Auswahl an Illumina-Sequenzierungsoptionen
- Flexible Datenpakete ab 5 Millionen Read-Pairs Paketen
- Multiplexing von bis zu 192 Proben
- Bioinformatik-Pipeline, die speziell für die Identifizierung und Quantifizierung von CRISPR-Ereignissen entwickelt wurde
- Kostenloses Eurofins Primer-Design mit molekularen Tags, um Zeit zu sparen und Best-Practice-Multiplexing sicherzustellen
Sie haben eine große Anzahl von Proben, die Sie mit diesem Workflow analysieren möchten? In diesen Fällen können wir Ihnen ein maßgeschneidertes Projekt anbieten.
Sie haben den HDR-Reparaturmechanismus angewendet? Bitte kontaktieren Sie uns für ein individuelles Projektgespräch.
Sie brauchen Oligos, um Ihre Amplikons vorzubereiten? Klicken Sie hier
Produktdetails
Ausgangsmaterial
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Bibliothekstyp
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Ausgangsmaterial
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| Adapter-Ligation für Illumina |
100 - 200 ng PCR-Produkt / Amplikons (bis zu 100 µl, Konzentration> 1 ng / µl
Anforderungen an die Amplikonlänge:
Sequenzierung mit 5M Read-Pairs Paketen, 2 x 150 bp:
Für die Evaluation von Deletionen von bis zu 50 bp und Insertionen von bis zu 30 bp sollte die Wildtyp-Amplikongröße (ohne die Tags) zwischen 150 und 225 bp liegen.
Sequenzierung mit 12M Read-Pairs Paketen, 2 x 250 bp:
Für die Evaluation von Deletionen von bis zu 50 bp und Insertionen von bis zu 30 bp sollte die Wildtyp-Amplikongröße (ohne die Tags) zwischen 325 und 400 bp liegen.
Sequenzierung mit 16M Read-Pairs Paketen, 2 x 300 bp:
Für die Evaluation von Deletionen von bis zu 50 bp und Insertionen von bis zu 30 bp sollte die Wildtyp-Amplikongröße (ohne die Tags) zwischen 325 und 500 bp liegen.
Weitere Probenanforderungen finden Sie in unserem Sample Preparation and Shipping Guide.
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Spezifikationen
Illumina-Datenpakete
- Garantierte 5M Read Pairs (10 Millionen Reads) pro Paket, 2 x 150 b
- Garantierte 12M Read Pairs (24 Millionen Reads) pro Paket, 2 x 250 bp
- Garantierte 16M Read Pairs (32 Millionen Reads) pro Paket, 2 x 300 bp
Sortieren der Sequenzen nach Tags
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- vom Kunden designte Tags
- von Eurofins Genomcis designte Tags
- CRISPR Mutationsanalyse
Mit der CRISPR Mutationsanalyse bewerten wir für Sie Mutationen, die Sie mit dem NHEJ Reperatursystem (non-homologous end joining) eingefügt haben. Die Pipeline untersucht Mutationsereignisse die auf einer einzigen Bruchstelle (cut site) beruhen.
- Qualitäts-Clipping und Merging der Rohreads
- Mapping auf die Zielregion(en) und Qualitätsfiltern der gemappten Reads
- Clustering der Reads und darauf basierte Identifizierung und Quantifizierung von NHEJ Ereignissen
- Quantifizierung der Mutationsraten und Leserahmenverschiebungen
- Für jede Probe und Zielregion erhalten Sie folgende Informationen:
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Plots zur beobachteten Mutationsrate und Leserahmenverschiebung
- Rohdaten, Mapping und Coverage Statistiken
- Umfassender Bericht mit Abschnitten zu Ergebnissen und Methoden /li>
- Rohdaten als FASTQ Dateien
- FASTQ Sequenzen nach Qualitäts-Clipping und Merging
- Gemappte Reads im BAM Format (Rohreads und gefilterte Reads)
- Sequenz des Wildtypallels und alternativer Allele inklusive deren Quantität
- Metriken zu Rohdaten, Präprozessierungs-Daten, Mappingergebnisse und Coverage im CSV-Format
Ab 18 - 20 Arbeitstage für bis zu 36 Proben zuzüglich 4 - 5 Tagen für die Mutationsanalyse; Express Optionen sind möglich
*Weniger Startmaterial? Bitte kontaktieren Sie uns.
Amplikon-Vorbereitung für INVIEW CRISPR Check Adaptor Ligation
So einfach wie noch nie
Für das Adapter-Ligation-Protokoll können Sie entweder PCR Produkte ohne molekulare Tags (= Barcodes) für die Adapter-Ligation bereitstellen oder unsere Tagging-Strategie verwenden. Letzteres reduziert die Sequenzierungskosten - insbesondere bei Projekten mit mehreren Proben.
Option ohne Tagging:
- Definieren Sie den Zielbereich, den Sie amplifizieren möchten, und konzipieren Sie Primer für die Amplifikation dieses Bereiches.
- Bestellen Sie die Zielregion – spezifischen Primer als NGSgrade oligo primers und generieren Sie die Amplikons für alle DNA-Templates (=Proben)
- Überprüfen Sie den Amplifikationserfolg auf einem Gel und reinigen Sie die Amplikons auf
- Da Sie kein Barcoding der einzelnen Proben verwendet haben müssen Sie mindestens 1 Datenpaket pro Amplikon bestellen, um die Reads nach der Sequenzierung einer Probe zuordnen zu können.
Option mit Tagging:
- Definieren Sie den Zielbereich, den Sie amplifizieren möchten, und konzipieren Sie Primer für die Amplifikation dieses Bereiches.
- Laden Sie Ihre zielspezifischen Sequenzen auf unsere Oligo-Bestellseite hoch und überlassen Sie Eurofins das automatische Primerdesign.
- Bestellen Sie Primer und führen Sie die Amplifikation mit den dafür vorgesehenen Primern vor.
- Überprüfen Sie den Amplifikationserfolg auf einem Gel und reinigen und quantifizieren Sie jedes Amplikon für das equimolare Pooling
- Die Verwendung von getaggten Primern ermöglicht die Multiplex-Sequenzierung mehrerer gepoolter Amplifikate in einem einzigen Datenpaket.