Die passende Antwort auf häufig gestellte Fragen
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Wie unterscheidet sich Whole Plasmid Sequencing von der Sanger-Sequenzierung?
Jede Sequenzierungsmethode hat Vor- und Nachteile. Die Sanger-Sequenzierung und die Oxford Nanopore-Sequenzierung (ONT) sind beide Methoden zur Bestimmung der Nukleotidsequenz in einem DNA-Stück. Typischerweise gilt Sanger als die genaueste Methode für die Short-Read-Sequenzierung und NGS ist besser für die Long-Read-Sequenzierung.
Insgesamt hängt die Wahl zwischen Sanger-Sequenzierung und ONT von den spezifischen Anforderungen der Anwendung ab. Beide Methoden haben ihre Stärken und Grenzen, und die geeignete Methode hängt von Faktoren wie der Länge und Qualität der DNA-Probe, dem gewünschten Genauigkeitsgrad sowie den Kosten und der Verfügbarkeit der erforderlichen Ausrüstung ab.
Was ist die Sequenz-Abdeckung?
Es hängt wirklich von der Probenqualität ab. Wir können den Deckungsgrad derzeit nicht garantieren. Eine ordnungsgemäß eingereichte gute Probe ergibt normalerweise Hunderte oder sogar Tausende von Sequenzierungs-Reads. Die Konsensabdeckung hängt davon ab, wie viele Reads Volllängen-Plasmide sind und wie viele, falls vorhanden, abgebaut sind.
Gibt es eine Mindestanzahl an Proben, die ich einreichen muss?
Jede Anzahl von Proben ist willkommen. Es gibt kein Minimum und kein Limit.
Können Sie Plasmidmischungen sequenzieren?
Sie können es senden und wir können es sequenzieren, aber wir können das Analyseergebnis nicht vorhersagen oder versprechen. Der Kunde würde das Risiko dieser Aufträge übernehmen.
Bietet Eurofins Genomics eine Prepaid Lösung für die Whole Plasmid Sequenzierung an?
Tolle Neuigkeiten! Wir arbeiten aktiv daran, Ihnen eine Prepaid-Lösung zu bringen, die in Kürze verfügbar sein wird!
Kann ich lineare DNA und Amplikons einsenden?
Leider nicht. Momentan können wir nur Plasmide annehmen. Für Amplikons und große DNA-Inserts haben wir jedoch einen speziellen Service, der Ihnen gerne zur Verfügung steht. Mehr erfahren >>
Kann ich meine Proben auch ohne den kostenlosen Barcode schicken?
Leider nicht. Dieser Barcode wird für unsere internen Laborprozesse benötigt und ist wesentlich, um sicherzustellen, dass wir Ihre Proben so effizient wie möglich bearbeiten können. Vielen Dank für Ihre Mitarbeit!
In welchem Puffer soll ich die Plasmide schicken?
Bitte verwenden Sie entweder Nuklease-freies Wasser oder Elutionspuffer (10 mM Tris, pH 8.5).
Bitte verwenden Sie keinen Puffer mit EDTA.
Liefern Sie auch die FASTQ-Daten?
Ja, die FASTQ Dateien werden für jedes Projekt mitgeliefert.
Werden Plasmide nochmals sequenziert, wenn kein Ergebnis erzielt wird?
Für jeden Lauf führen wir mehrere Qualitätskontrollmessungen durch, um den Erfolg der Bibliotheksvorbereitung und Sequenzierung zu bewerten. Wenn alle Messungen zufriedenstellende Ergebnisse zeigen, werden wir Proben, die fehlgeschlagen sind, nicht erneut bearbeiten.
Was ist die Lieferzeit für "Whole Plasmid Sequencing"?
Wir sequenzieren die Plasmide typischerweise innerhalb eines Arbeitstages.
Für Plasmide > 25 kb kann die Lieferzeit bis zu 5 Arbeitstage betragen.
Wie sollen die Fehler bewertet werden, die ich einer Homopolymeregion oder an einer Dam- oder Dcm-Methylierungsstelle entdeckt habe?
Die vorherrschenden Fehlermodi beim Oxford Nanopore-Sequenzieren umfassen Deletionen innerhalb von Homopolymer-Bereichen, Fehler, die an der zentralen Position der Dcm-Methylierungsstelle CCTGG oder CCAGG auftreten, sowie Fehler an der Dam-Methylierungsstelle GATC.
Bitte behandeln Sie diese Regionen daher besonders sorgfältig.